1953年天主教靈醫會羅德信神父，從義大利遠渡重洋來到貧瘠的澎湖傳道。目睹居民有病無醫師可看之困境，乃秉持著會祖服務病患的理念博愛精神，成立第一家教會醫院。草創初期，資源短缺、醫療人員難求。除積極培養在地醫療人才外，神父、會士們不畏困難日夜看診，勤走鄉村義診，慕名求醫者眾，原有院舍不敷使用。1980年經各神父、會士積極奔走國內外募款增購院區，興建五層醫療大樓，病床數由25床增至120床，成為澎湖地區不可或缺之醫療中心。
1995年全民健康保險實施，因應澎湖地區診所林立及人口結構高齡化，十年來增設護理之家，期以多元化之經營持續服務澎湖鄉親。2003年為加強醫療服務，與中山醫學大學附設醫院訂定醫療合作策略聯盟，以提昇醫療品質，成效已獲鄉親良好口碑。
本院歷經羅德信神父、呂道南神父、王理智神父、何義士修士，及一群默默耕耘的神父、教士，一代代傳承經營，始有今日成果。我們由衷感激他們，同時感謝在蕭院長領導之下，堅守本位、抱持著「施比受更幸福」之愛心，無怨無悔為澎湖居民服務的全院員工。在此祈禱天主帶領惠民醫院，願主賜福惠民醫院全體員工及澎湖鄉親。